São João da Boa Vista está na região cristalina da Serra da Mantiqueira (Região geomorfológica de Lindoia e Serra Negra) e próximas à linha de contato com a região sedimentar (Depressão Periférica), que estão a oeste do município, em direção a Aguaí.
As terras do município se encontram na Média Mogiana, fazendo parte da 5ª Região Administrativa do Estado e ainda é sede da microrregião de São João da Boa Vista. O clima e o tipo de solo propiciam ao município a predominância das culturas agrícolas e agropecuárias.
